劉國深認為，兩岸分成兩個清華大學(xué)，與中國人在追求現(xiàn)代化、追求民主、追求科學(xué)的理解上的分歧有關(guān)系。臺灣問題的留存，實際上也是近代以來我們中國人對走什么道路問題的爭論，導(dǎo)致國共內(nèi)戰(zhàn)，遺留下臺灣問題。因為有臺灣問題，現(xiàn)在出現(xiàn)了兩個清華大學(xué)并存的現(xiàn)象。

　　不過，他指出，歷史上壞事經(jīng)常也會變成好事。兩岸清華大學(xué)現(xiàn)在都是兩岸甚至國際上非常知名的學(xué)校，培養(yǎng)了許多人才。隨著兩岸關(guān)系和平發(fā)展的進程，兩個清華大學(xué)開始越來越緊密地交流互動，這是整個兩岸高校交流互動的縮影或者說一個面向。這樣的交流對增進兩岸相互了解，深化兩岸高等教育合作，甚至對于提升國家民族的競爭力都有很大幫助。

　　面對兩岸清華大學(xué)這樣的高校教育合作，以及臺灣開放大陸學(xué)生就讀，國務(wù)院臺辦副主任孫亞夫22日指出，推動兩岸關(guān)系和平發(fā)展，需要促進經(jīng)濟、文化交流協(xié)調(diào)發(fā)展；大陸方面主張不斷為商簽兩岸文教交流協(xié)議積累共識、創(chuàng)造條件。

　　新竹清華大學(xué)校長陳力俊此前曾直嘆，臺灣當(dāng)局對大陸學(xué)生來臺就學(xué)“限制太多，綁手綁腳”，甚至兩校已簽署的雙聯(lián)學(xué)位共識，也因此遲遲無法真正實施。